Tesne pred vyšetrením sa pacient prezlečie do špeciálnych krátkych nohavíc s otvorom pre zavedenie prístroja, ktoré uľahčia vyšetrenie a zabezpečia zachovanie intimity pacienta. Odloží si šperky, hodinky a vyberie zubnú protézu. Aby bolo vyšetrenie bezbolestné, môže byť podaná injekcia s liekom proti bolesti (analgetikum) a sedatívum (uvoľní napätie a obvykle spôsobí aj ospalosť). K vyšetreniu uloží zdravotná sestra pacienta do polohy v ľahu na ľavý bok na vyšetrovacom stole.
Vyšetrenie začína lekár vyšetrením konečníka zrakom a palpačne (pohmatom). Následne cez análny otvor zavedie prístroj do konečníka a postupuje do ďalších častí hrubého čreva. Počas vyšetrenia je občas potrebná zmena polohy (otočiť sa na chrbát alebo pravý bok), pri ktorej pomáha pacientovi zdravotná sestra. Pokiaľ cíti pacient počas vyšetrenia intenzívnejší tlak alebo bolesť, je nutné na to upozorniť lekára. V takomto prípade je možné podanie ďalšej dávky lieku proti bolesti.
O výsledku kolonoskopického vyšetrenia je pacient informovaný ihneď po ukončení vyšetrenia. Pokiaľ boli pri vyšetrení odobraté vzorky sliznice na histologické vyšetrenie, ich výsledok býva dostupný o 5-10 pracovných dní.
Po nekomplikovanom kolonoskopickom vyšetrení môže ísť pacient domov asi za pol hodinu. V domácom prostredí nie je potrebná žiadna špeciálna diéta avšak pacientom je doporučené konzumovať ľahko stráviteľné potraviny.